Tělo rozpoznává cizí látky především prostřednictvím buněčných "občanek" - speciálních molekul na povrchu buněk, které ukazují kousky všech proteinů, jež buňka vyrábí

Tělo rozpoznává cizí látky především prostřednictvím buněčných "občanek" - speciálních molekul na povrchu buněk, které ukazují kousky všech proteinů, jež buňka vyrábí. Imunitní buňky fungují jako policisté, kteří kontrolují tyto občanky. Když najdou na povrchu buňky něco neznámého, například části viru, buňku zlikvidují. Celý systém je založen na tom, že imunitní buňky se v dětství naučí v orgánu zvaném brzlík rozpoznávat vše, co do těla patří, a ignorovat to. Naopak cokoliv cizího spustí imunitní reakci.

Vakcinace funguje jako učení imunitního systému rozpoznávat nové hrozby. Když se do těla dostane vakcína s kousky viru, svalové buňky začnou vyrábět virové proteiny, které se objeví na jejich povrchu. Imunitní buňky si zapamatují tento cizí materiál a při příštím setkání s daným virusem dokážou reagovat mnohem rychleji a efektivněji. Jde v podstatě o trénink imunity na bezpečné verzi patogenu.

Rakovinové buňky dokážou imunitnímu systému unikat tím, že přestanou ukazovat své "občanky" na povrchu. Tím se vyhnou kontrole běžných imunitních buněk, které hledají podezřelé proteiny. Proto tělo disponuje také speciálními NK buňkami (natural killer cells), které naopak zabíjejí buňky bez občanky. Odhaduje se, že každý den v lidském těle vzniknou desítky až stovky rakovinných buněk, které imunitní systém musí najít a zničit.

Autoimunitní onemocnění vznikají kvůli chybám v imunitním systému, kdy některé imunitní buňky začnou reagovat na tělesné tkáně, ačkoliv se to v brzlíku naučit neměly. Měly by být při negativní selekci zlikvidovány, ale někdy se jim podaří uniknout. Naučit imunitu něco nového je relativně snadné, ale odnaučit ji reagovat na něco je mnohem složitější. Teoreticky by bylo potřeba zničit konkrétní B lymfocyty, které vyrábějí nežádoucí protilátky, což však zatím není spolehlivě zvládnutelné.